Löhningen ist die von allen Ortschaften des Kantons zuerst erwähnte, nämlich mit der Urkunde vom Jahr 779 über die Schenkung einer Gebalinda von Loninga an das Kloster St.Gallen. 1112 wurde in Urkunden das Geschlecht derer von Löhningen erwähnt, als Grundherrschaften, die von 1100 bis 1400 in der Stadt Schaffhausen wohnten.
Weiter sind in den alten Schriften 1112 und 1131 ein Bernhart von Löhningen und im ältesten Güterbeschrieb 1150, ein Fräulein Berthe von Löhningen erwähnt. Das Geschlecht derer von Löhningen tritt wieder auf in Zusammenhang mit den Landvergabungen an das Spital zum Heiligen Geist Schaffhausen, das damit, neben dem Frauenkloster und diversen Adeligen zum grössten Grundbesitzer im Dorf wurde.
Ebenso erhielt das Spital das Patronatsrecht der Kirchen mit den entsprechenden Pflichten aber auch dem Bezugsrecht des Zehnten. An diese Steuerabgabe für die damals durchwegs besitzlosen Bauern erinnert immer noch der Name Zehntenkeller, ein Anbau an die Spitaltrotte, der im Jahr 1997 der Weinbaugenossenschaft Löhningen von der Gemeinde zur Nutzung als Weinstube überlassen wurde. Die engen Verhältnisse zur Kirche blieben bis ins Jahr 1881 bestehen.
Anlässlich der Reformation ging der Klosterbesitz an die Stadt Schaffhausen über, die ab 1529 auch die Gerichtsbarkeit über Löhningen und Guntmadingen hatte. Die Bauern bewirtschafteten den Grund im Lehensverhältnis. Erste Löhninger Familiennamen tauchen im 15. Jahrhundert in den Akten auf. 1439 ein Müller als Lehensträger des Klosters Paradies, 1466 ein Wälti Walter, 1489 Hans Walter als Vogt auf dem Meierhof. Bis heute repräsentieren die Geschlechter Müller, Walter und Spörndli zur Hauptsache die alte Löhninger Bürgerschaft.
Ab 1493 trat Löhningen als Gemeinde auf für innere Angelegenheiten. Die älteste Gemeindeverfassung geht ins Jahr 1654 zurück: "Ordnung und Satzung der Hirten, Vorster, Messmer und Nachtwächter einer ehrsamen Gemeinde Löhnungen". Der Wandel vom Untervogt zum Municipalitäts-Präsidenten vollzog sich während der Französischen Revolution 1798. Er wurde 1803 zur Kollegialbehörde zum Gemeindegericht und ab 1831 zum Gemeinderat.
Das Wappen
Seit 1949 dient ein grünes dreiblättriges Kleeblatt auf rotem Untergrund über schwarz und grünen schrägen Feldern als Gemeindewappen. Zuvor zierte ein Rebmesser das Dorfsiegel, das aber verwechselbar ebenfalls sieben weiteren Gemeinden im Kanton als Wappenzeichen diente.
